Emile Cantor werd geboren in 1955 in Apeldoorn. Hij begon op vierjarige leeftijd met vioolspelen, met als leraren Qui van Woerdekom, Henk Knol en Jaap Schroeder. Op zijn veertiende raakte hij gefascineerd door de klank van de altviool en maakte hij de overstap naar dit instrument. Tussen 1973 en 1975 studeerde hij aan het Conservatoire National Supérieur de Musique in Parijs bij professor Serge Collot, die een grote invloed op hem had. In 1975 behaalde hij daar de Premier Prix nommé.

Cantor bekleedde aanvoerdersposities als solo-altviolist bij het Nederlands Kamerorkest in Amsterdam (onder leiding van Szymon Goldberg en David Zinman), het Philharmonisch Orkest van Kopenhagen, het Orchestre National du Capitole de Toulouse (onder Michel Plasson) en het Symfonieorkest van Aarhus in Denemarken.

In 1987 richtte hij, terwijl hij lid was van het Symfonieorkest van Düsseldorf, samen met C.A. Linale, E. Piedicuta en L. Sbarcea het Orpheus Kwartet op. Dit ensemble won eerste prijzen bij internationale concoursen in Rome, München en Osaka, en behoort nog altijd tot de vooraanstaande strijkkwartetten in Europa, ondanks het onverwachte overlijden van C.A. Linale in 2003.

Samen met de Belgische pianist Philippe Terseleer richtte Cantor de concertcyclus Correspondances op, waarmee zij de relatie tussen kunst, poëzie en muziek belichten.

Cantor gaf de wereldpremière van meer dan vijftien nieuwe werken voor altvioolsolo, vaak in samenwerking met uiteenlopende ensembles. Hij was jurylid bij onder meer het Concours Maurice Vieux, de Walter Witte Wettbewerb, het Max Rostal Concours, de ARD-wedstrijd voor altviool, de London String Quartet Competition en Jugend Musiziert voor kamermuziek.

Zijn werk als docent geniet internationale erkenning. Sinds 1986 is hij verbonden aan de Hochschules in Trossingen en Aken, tussen 1992 en 1999 was hij professor altviool aan de Johannes Gutenberg Universiteit Mainz, en sinds 1999 aan de Folkwang Universität der Künste in Essen. Sinds 2002 is hij daarnaast als docent verbonden aan het Conservatori del Liceu in Barcelona.

Emile Cantor is sinds 1988 ook coach bij het Duitse Nationaal Jeugdorkest (Bundesjugendorchester) en verzorgt regelmatig zomercursussen in Duitsland, Finland, Spanje, België, Zwitserland en Zweden.